16.10.25 de 13h à 14h
Au cours de ce webinaire, les intervenants présenteront le rôle-clé des ressources partagées - banques de tissus et bases de données - pour Réduire le recours à l'animal en recherche.
Optimiser la quantification immunohistochimique pour réduire l’usage des animaux (Dr Olivier Raineteau) :
Les immunomarquages permettent de visualiser des protéines reflétant à la fois l’identité et l’état fonctionnel des cellules. Leur quantification offre ainsi un moyen d’évaluer la réponse de populations cellulaires spécifiques à des pathologies, des manipulations expérimentales ou des traitements. Traditionnellement réalisés sur des coupes de tissus, ces marquages exigent un échantillonnage homogène et représentatif de la région d’intérêt afin d’obtenir des mesures fiables et robustes.
Dans cette présentation, Olivier Raineteau reviendra sur les principes clés de l’échantillonnage et de la quantification.
Il montrera que la conservation à long terme des tissus permet de réaliser des analyses complémentaires sans générer de nouveaux prélèvements.
Enfin, il illustrera comment les approches modernes de quantification à haut débit permettent d’explorer l’ensemble du cerveau pour identifier des régions d’intérêt.
En combinant échantillonnage rigoureux, conservation des tissus et quantifications semi-automatiques, il devient possible d’améliorer la qualité des données tout en réduisant progressivement le nombre d’animaux utilisés.
FAIR3R, un portail pour partager des données de la recherche préclinique (Yann Hérault1,2, Nathanael Debanne1, Hamid Méziane1,2, et Benoit Petit-Demoulière1) :
Les modèles animaux demeurent essentiels pour l’étude de la physiologie et l’identification de mécanismes biologiques complexes à l’échelle de l’organisme. Ils sont particulièrement indispensables dans le cadre de la recherche préclinique, où la transposabilité des résultats vers l’humain constitue un enjeu majeur. Dans ce contexte, la transparence et la réutilisabilité des données expérimentales sont cruciales pour assurer la reproductibilité scientifique et stimuler l’innovation. Pourtant, les infrastructures offrant un accès ouvert aux données primaires et interprétées issues de la recherche animale restent limitées.
L’ « International Mouse Phenotyping Consortium » (IMPC) illustre une initiative d’envergure, mettant à disposition via www.mousephenotype.org les données phénotypiques de plus de 9 994 modèles murins. Ces ressources sont précieuses pour les études translationnelles et les analyses comparatives à large échelle. Toutefois, leur utilisation peut être restreinte par des standards trop spécifiques, peu adaptés à la diversité des approches méthodologiques.
Le projet OPENBIOX, soutenu par le FC3R, propose une réponse innovante avec le portail FAIR3R (www.fair3r.fr), conçu pour faciliter le partage transparent et réutilisable des données issues de la caractérisation des modèles animaux. Ce portail repose sur les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) et intègre des exigences en matière de propriété des données, de métadonnées enrichies et de compatibilité avec les standards de publication scientifique.
Il vise également à valoriser les résultats non confirmatoires, essentiels pour affiner les hypothèses et limiter les biais de publication, en complément d’initiatives telles que les « Short Notes » du FC3R. Rejoindre la communauté FAIR3R, c’est contribuer à une science plus ouverte, éthique et collaborative.
1 Université de Strasbourg, CNRS, INSERM, PHENOMIN-Institut Clinique de la Souris, 1 rue Laurent Fries, 67404 ILLKIRCH.
2 Infrastructure en Biologie Santé, Celphedia, CORE UAR 2052, CNRS, 7 Rue Guy Môquet, VILLEJUIF
Olivier Raineteau
Directeur de Recherche à l’INSERM, Stem Cell and Brain Research Institute (U1208, Lyon)
Olivier Raineteau est Directeur de Recherche à l’INSERM, au Stem Cell and Brain Research Institute (U1208, Lyon). Ses travaux portent sur la plasticité cérébrale, les cellules souches neurales et les mécanismes de réparation après lésions du système nerveux. Après un doctorat et un parcours postdoctoral à Zurich, il a dirigé des équipes de recherche à Cambridge et à l’ETH Zurich avant de rejoindre l’INSERM en 2014.
Yann Hérault, Nathanael Debanne, Hamid Méziane et Benoit Petit-Demoulière
Equipe porteuse du projet OPENBIOX et de la plateforme FAIR3R
Yann Herault, directeur de recherche au CNRS, dirige l’institut clinique de la souris et coordonne l’infrastructure Nationale CELPHEDIA pour la recherche animale.
Nathanael Debanne est bioinformaticien à l’Institut Clinique de la Souris (PHENOMIN-ICS) où il a développé et implémenté le portail FAIR3R et la relation avec la base de données interne de PHENOMIN-ICS.
Hamid Meziane, PhD en neurosciences comportementales et cognitives est ingénieur de recherche à l’Institut Clinique de la Souris (PHENOMIN-ICS). Il est responsale de réseaux nationaux et internationaux, notamment CELPHEDIA.
Benoit Petit-Demoulière est ingénieur de recherche et responsable du département de Phénotypage à l’Institut Clinique de la Souris (PHENOMIN-ICS). Il dirige les activités de caractérisations précliniques et pharmacologiques sur des modèles Souris et Rat.
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