Description de la formation

- Savoir définir une stratégie de génotypage et comprendre son intérêt dans l'analyse de son modèle (rongeur, zebrafish).
- Etre capable de concevoir une stratégie de génotypage en prenant en compte la modification génétique.
- Savoir choisir une méthode d'analyse selon l'allèle à identifier.
- Etre capable d'optimiser la conception de la stratégie dans les critères de sélection des amorces, la taille et la structure de l'amplicon et la mise au point des conditions expérimentales.
- Prendre conscience de l'impact d'une erreur de génotypage.

Thèmes abordés

- Les différents modèles de modifications génétiques : cKO, KO, Ki, Tg, PM...
- Les différents moyens de générer les modifications génétiques et les conséquences sur le génotype : transgénèse, recombinaison homologue via les cellules ES chez la souris, CRISPR.
- Les différentes méthodes d'analyse (PCR, qPCR, dPCR...).
- Critères importants pour la mise au point d'une stratégie de génotypage :
. recherche des séquences génomiques de l'allèle ciblé et de l'allèle WT
. conception de la stratégie de génotypage en fonction de la modification à caractériser et de la méthode d'analyse
. identification des paramètres techniques importants permettant de limiter les erreurs de génotypage
- Impact d'une mauvaise stratégie : les erreurs de génotypage et leurs conséquences.
. illustrations par des cas concrets.