Actualit�s du GIS FC3R

Towards responsible management and a reduction in laboratory mouse breeding

09 Jul 2026

Responsible management and Reduction of laboratory mouse colonies

For over 50 years, the mouse has been a key animal model for biomedical research, largely due to the ability to manipulate its genome with precision. The mouse reference genome is now annotated with 50,763 genes, including 22,198 coding genes (NCBI GRCm39). A variery of genetic tools exist the targeted modification or control of their expression. This approach facilitates cell tracking, the selective removal of specific cell populations, and tissue-specific or inducible gene activation or inactivation. For instance, this can be achieved through the administration of an inducer to the animal.

The use of genetically modified mice for scientific purposes often requires the establishment and maintenance of complex colonies, presenting significant challenges in terms of planning, traceability and controlling the number of animals produced. Each breeding line must be regarded as a long-term, cross-disciplinary project, involving coordination between research teams, animal care staff, the lead vet, with the central aim of limiting the production of animals with no direct scientific utility.

In France, as in many countries, the mouse is the most frequently used animal model for scientific purposes: it accounts for 72.4 per cent of reported uses in 2024. Maintaining colonies of genetically modified mice also constitutes a major component of national statistics, with 588,473 reported uses in 2024.

However it should be noted that this figure does not correspond to the total number of mice produced or maintained in breeding colonies. It reflects only those animals falling within the scope of annual reporting, notably due to a harmful phenotype or a reportable procedure such as certain invasive genotyping techniques. Therefore, it provides only an incomplete picture of all the animals involved in colony management. This includes breeding stock, animals whose genotype is inferred from the breeding scheme, animals available in insufficient numbers or at the wrong time to form an experimental cohort, or animals reared or killed outside an experimental procedure, such as for the collection of organs and tissues.

The management of mouse colonies is therefore a key strategy for Reducing the number of animals used in research, both within the regulatory scope of declared uses and, more broadly, in the production of animals required to maintain the strains. Optimising breeding programmes, anticipating experimental needs, minimising surpluses, monitoring strains over time and using cryopreservation where appropriate all help to reduce the number of animals produced without direct scientific purpose.

‘Responsibility’ in the management of genetically modified mice

Working with genetically modified mice is becoming increasingly challenging. This is due to the increasing complexity of genotypes, the ever-growing number of strains, and the various regulatory, ethical, scientific and economic requirements. Colony management is a planned and structured activity. It aims to ensure the availability of animals useful for research while minimising the number of animals produced and killed unnecessarily. This approach is founded on the principles of the 3Rs (Replacement, Reduction, Refinement) and shared responsibility among all stakeholders involved in the design, production, monitoring and use of mouse strains ( Mesbah, K and Ayadi, A. ).

There are now numerous methods for producing genetically modified animals, including additive transgenesis, homologous recombination (knockout and knock-in), genome editing using CRISPR-Cas9-type molecular scissors, random physical mutagenesis (ionising radiation) or chemical mutagenesis (mutagenic agents such as ENU), and spontaneous natural mutations that can result in a striking or, in some cases, silent phenotype.

The combination of multiple mutations within a single strain can present signifiant challenges in the breeding process. Mendelian laws and initial heterozygosity, as well as constraints related to sex, genetic background or the viability of certain genotypes, can significantly reduce the proportion of animals with the desired experimental genotype. These cross-breeding programmes therefore entail significant costs, not only in terms of the number of animals produced that are of no direct use to the experimenter, but also in terms of the time taken to produce them, the workload involved and the use of housing capacity. In complex situations, generating an experimental cohort can take at least six months, and often well over a year.

One of the most important strategies to address this challenge is the optimisation of mating schemes. The objective is to design matings in a manner that ensures the production of the highest possible proportion of useful animals, and, where relevant, their controls. In the case of lines carrying multiple genetic modifications, it may be preferable to fix certain mutations in the homozygous state, provided this is compatible with the animals' viability, fertility and phenotype. This strategy reduces the number of genotypes generated in each generation and increases the proportion of animals that are directly usable. Conversely, heterozygote x heterozygote crosses may produce a high proportion of animals that do not match the desired genotype. In order to ensure optimal efficiency and cost-effectiveness, it is advisable to reserve these for situations where their use is unequivocally required.
In cases where experimental design allows, more targeted crosses may be preferable. For example, heterozygote x homozygote crosses could be used if the heterozygous animals can be used as a relevant control group. Alternatively, mutant homozygous lines and wild-type lines could be maintained in parallel, scaled according to experimental requirements, provided that the genetic background is controlled and comparable. This rationalisation of matings helps to limit the production of surplus animals, reduce the time taken to obtain cohorts and decrease the total number of mice produced.

Coordinated Breeding Management

In many institutions, management is centred on available space: researchers submit their requests directly to animal care staff, who then arrange matings within the limits of available cages and racks.

In order to move away from this approach, large institutions are setting up a 'breeding coordination team'. This team will be separate from researchers and animal carers. This team serves as the primary liaison between animal users and the animal facility services. It is responsible for managing requests, discussing specific requirements (such as exact genotype, sex, age, and number of animals required), monitoring the experimental timetable, setting colony targets, and determining the opening or closing of breeding pairs. The coordinators assess the scientific relevance and the overall capacity of the animal facility. This organisational change will enable us to drastically reduce unnecessary fluctuations in colony size and avoid unplanned surpluses of animals.

Digitals Tools fof Colony Management

Computer tools can be used for categorising and forecasting colonies, for example, a colony and cohort rearing calculator. Strains are classified according to their production level, enabling a target number of cages and breeding pairs to be assigned to each category. Based on this classification, a 'breeding team' can make a fairly reliable medium-term estimate of the number of cages required for all projects, anticipate activity peaks and advise researchers on when to open or close colonies. Computerised colony management systems and databases detailing production levels (maintenance, low, medium and high) support this planning. These databases include information on each animal's identification number, genotype, pedigree, health history and samples taken.

Colony management software plays an important role in Reduction and Refinement. They provide automated reports that enable breeding practices to be assessed objectively, including the number of cages per strain, the performance of breeding pairs (litter size and viability, mating success), the rapid identification of low-productivity strains, and the detection of isolated or elderly animals with no experimental value, as well as recurring surpluses of excess animals. While this information does not replace the expertise of the teams, but it provides a useful basis for adjusting mating schemes, reducing surpluses, comparing practices between teams, deciding whether to discontinue or cryopreserve certain strains, and guiding teams towards more responsible management.

Cryopreservation and assisted reproduction

Another key aspect of improving practices is the use of gamete and embryo cryopreservation technologies, which are commonly used in mice. These technologies enable a genotypes to be frozen and preserved over time, while also providing a backup of the genetic resources in the event of health-related contamination of breeding colonies or genetic drift.

Although sperm cryopreservation is less costly, it involves a loss of homozygosity and, more importantly, a risk of losing the genetic pool, since the male gametes will be used to fertilise freshly ovulated oocytes, sometimes years later. Only cryopreserving embryos from the single-cell stage to the blastocyst stage preserves the genetic pool and the complexity of a set of mutations or modified alleles.

In vitro fertilisation (IVF) may be more effective than natural mating for producing cohorts within a shorter timeframe and can enable the number of animals produced to be adjusted according to actual needs.

Optimised genotyping of colonies

Genotype the animals as early as possible, entering the results into the database immediately. This will enable animals with an undesirable genotype to be identified promptly, allowing their cages to be removed or reallocated. Non-invasive approaches minimise pain and stress for the animals while providing sufficient quantities of high-quality DNA.

Combining genotyping of semen and embryos with these technologies further optimises the processes. Monitoring the genetic quality of frozen semen stocks and assessing the success of gene-editing strategies directly on cultured embryos avoids the production of live animals. Similarly, analysing the sperm of chimeric males created through stem cell engineering allows the selection of those most likely to pass on the mutation. This reduces the number of matings required and the number of wild-type pups.

The ethical dimension of animal breeding and the importance of training

Training for researchers and staff involved in colony management is a key factor. Dedicated training programmes, combined with simple educational materials and tools to assist in determining colony size, alongside clear internal policies, can help minimise the duplication of lines, encourage cryopreservation when keeping animals alive is no longer justified, and ensure rigorous genetic traceability.

Rigorous colony management, underpinned by well-considered breeding schemes, advanced technologies, refined genotyping methods, robust digital systems, and clear organisation of responsibilities, enables improved data quality, reduced project timelines and costs, a decreased number of animals used, and enhanced animal welfare and staff wellbeing, in line with the 'culture of care'.

Vers une gestion responsable et une r�duction des �levages de souris de laboratoire

24 Jun 2026

Réduction et gestion responsable des élevages de souris de laboratoire

Depuis plus de 50 ans, la souris est devenue un modèle animal majeur pour la recherche biomédicale, en raison notamment de la possibilité de manipuler finement son génome. Le génome de référence de la souris est aujourd’hui annoté avec 50 763 gènes, dont 22 198 gènes codants (NCBI GRCm39), et de nombreux outils génétiques permettent d’en modifier ou d’en contrôler l’expression de manière ciblée. Il est ainsi possible d’introduire des systèmes de traçage cellulaire, d’induire l’ablation sélective de populations cellulaires, ou encore d’activer ou d’inactiver un gène de manière tissu-spécifique ou conditionnelle, par exemple à l’aide d’un inducteur administré à l’animal.

L’utilisation de souris génétiquement altérées à des fins scientifiques, nécessite souvent la production et le maintien de colonies complexes, avec des enjeux importants en matière de planification, de traçabilité et de maitrise du nombre d’animaux générés. Chaque lignée en élevage doit être considérée comme un projet transversal à long terme, impliquant une coordination entre les équipes de recherche, les animaliers, le vétérinaire référent et la SBEA, avec pour objectif central de limiter la production d’animaux sans utilité scientifique directe.

En France, comme dans de nombreux pays, la souris est le modèle animal le plus fréquemment utilisé à des fins scientifiques : elle représente 72,4 % des utilisations déclarées en 2024. La maintenance de colonies de souris génétiquement altérées constitue également une composante majeure dans les statistiques nationales, avec 588 473 utilisations déclarées en 2024.

Cependant ce chiffre ne correspond pas à l’ensemble des souris produites ou maintenues en élevage. Il reflète uniquement les animaux entrant dans le périmètre des déclarations annuelles, notamment en raison d’un phénotype dommageable ou d’une procédure déclarable comme certains génotypages invasifs. Il ne rend donc qu’imparfaitement compte de l’ensemble des animaux mobilisés par la gestion des colonies : reproducteurs, animaux dont le génotype est déduit du schéma de croisement, animaux disponibles en nombre insuffisant ou au mauvais moment pour constituer une cohorte expérimentale, ou encore animaux élevés ou mis à mort en dehors d’une procédure expérimentale, comme pour le prélèvement d’organes et tissus.

La gestion des colonies murines représente ainsi un levier majeur de Réduction, à la fois dans le périmètre réglementaire des utilisations déclarées et, plus largement, dans la production d’animaux nécessaires au maintien des lignées. Optimiser les schémas de croisement, anticiper les besoins expérimentaux, limiter les surplus, suivre les lignées dans le temps et recourir à la cryoconservation lorsque cela est pertinent permettent de réduire le nombre d’animaux produits sans utilité scientifique directe.

La « Responsabilité » dans la gestion des souris génétiquement altérées

Travailler sur des souris génétiquement altérées représente un défi croissant dû à la complexification des génotypes, au nombre toujours plus important de lignées, aux exigences réglementaires, éthiques, scientifiques et économiques. La gestion des colonies est une activité planifiée et structurée, visant simultanément à garantir la disponibilité des animaux utiles pour la recherche et à réduire au minimum le nombre d’animaux produits et mis à mort sans nécessité. Cette approche s’inscrit dans le cadre des 3R (Remplacement, Réduction, Raffinement) et dans une logique de responsabilité partagée de l’ensemble des acteurs impliqués dans la conception, la production, le suivi et l’utilisation des lignées murines (Mesbah K et Ayadi a, 2026).

Il existe aujourd’hui de multiples méthodes pour obtenir de animaux génétiquement altérés : transgénèse additive, recombinaison homologue (knockout et knockin), édition du génome à l’aide de ciseaux moléculaires type CRISPR-Cas9, mutagénèse aléatoire physique (rayonnement ionisants) ou chimique (agents mutagènes type ENU) ou naturelles spontanées conférant un phénotype remarquable ou parfois silencieux.

La combinaison de plusieurs mutations au sein d’une même lignée peut rendre l’élevage très complexe. Les lois mendéliennes et l’hétérozygotie de départ, les contraintes liées au sexe, au fond génétique ou à la viabilité de certains génotypes peuvent fortement réduire la proportion d’animaux au génotype expérimental recherché. Ces croisements ont donc un coût important, non seulement en nombre d’animaux produits sans utilité directe pour l’expérimentateur, mais aussi en temps d’obtention, en charge de travail et en occupation des capacités d’hébergement. Dans les situations complexes, la génération d’une cohorte expérimentale peut nécessiter au minimum 6 mois, et souvent bien plus d’un an.

Pour répondre à cette difficulté, l’un des leviers les plus importants est l’optimisation des schémas d’accouplement. L’objectif est de concevoir les croisements de manière à produire la plus forte proportion possible d’animaux utiles et lorsque c’est pertinent, leurs témoins.
Dans le cas de lignées portant plusieurs modifications génétiques, il peut être préférable de fixer certaines mutations à l’état homozygote lorsque cela est compatible avec la viabilité, la fertilité et le phénotype des animaux. Cette stratégie permet de réduire le nombre de génotypes générés à chaque génération et d’augmenter la proportion d’animaux directement utilisables. À l’inverse, des croisements hétérozygote × hétérozygote peuvent produire une forte proportion d’animaux qui ne correspondent pas au génotype recherché. Ils doivent donc être réservés aux situations où ils sont réellement nécessaires.
Lorsque le plan expérimental le permet, des croisements plus ciblés peuvent être privilégiés, par exemple hétérozygote × homozygote si les animaux hétérozygotes peuvent constituer un groupe contrôle pertinent, ou encore le maintien parallèle de lignées homozygotes mutantes et de lignées sauvages, dimensionnées selon les besoins expérimentaux, à condition que le fond génétique soit maîtrisé et comparable. Cette rationalisation des accouplements permet de limiter la production d’animaux surnuméraires, de réduire les délais d’obtention des cohortes et de diminuer le nombre total de souris produites.

Organisation et coordination au service de la gestion des lignées

Dans de nombreux établissements, la gestion est centrée sur l’espace disponible : les chercheurs transmettent directement leurs demandes aux zootechniciens, qui mettront en place les accouplements dans la limite des cages et des racks disponibles.

Pour sortir de cette logique, de grandes institutions mettent en place une « équipe de coordinateurs d’élevage », distincte des chercheurs et des soigneurs. Cette équipe devient l’interface entre les utilisateurs d’animaux et les services d’animalerie : elle reçoit les demandes, discute des besoins réels (génotype exact, sexe, âge, nombre d’animaux nécessaires et suit le calendrier des expériences), fixe des objectifs de colonie et décide de l’ouverture ou de la fermeture de couples reproducteurs.
Les coordinateurs évaluent la pertinence scientifique et la capacité globale de l’animalerie. Ce changement organisationnel permet de réduire drastiquement les variations inutiles de taille de colonie et d’éviter les excès d’animaux non planifiés.

La technologie à la rescousse

Des outils informatiques de catégorisation et de prévision des colonies (par exemple un calculateur d’élevage de colonies et de cohortes) peuvent être utilisés. Les lignées sont classées selon différents niveaux de production, ce qui permet d’associer à chaque catégorie un nombre cible de cages et de couples reproducteurs. Sur cette base, une « équipe d’élevage » peut estimer de façon assez robuste le nombre de cages nécessaires à moyen terme pour l’ensemble des projets, anticiper les pics d’activité et conseiller les chercheurs sur l’ouverture ou la fermeture de colonies. Cette planification est appuyée par des systèmes informatiques de gestion des colonies, des bases de données détaillant les niveaux de production (maintenance, production faible, moyenne, élevée), (pour chaque animal son identifiant, son génotype, sa généalogie, son historique sanitaire et les prélèvements effectués).

Les logiciels de gestion de colonies jouent un rôle important dans la Réduction et le Raffinement. En fournissant des rapports automatisés, ils permettent d’objectiver les pratiques d’élevage : nombre de cage par lignée, performance des couples reproducteurs (taille et viabilité des portées, succès des accouplements), d’identifier rapidement les lignées peu productives, de repérer les animaux isolés ou âgés sans utilité expérimentale, ainsi que les excès récurrents d’animaux surnuméraires. Ces informations ne remplacent pas l’expertise des équipes, mais elles fournissent une base utile pour ajuster les schémas d’accouplement, réduire les surplus, comparer les pratiques entre équipes, décider de la fermeture ou de la cryoconservation de certaines lignées, et accompagner les équipes vers une gestion plus responsable.

Cryopréservation et reproduction assistée

Un autre pilier majeur de l’amélioration des pratiques est l’utilisation de technologies de cryopréservation des gamètes et embryons qui se pratiquent en routine chez la souris. Elles permettent de figer et préserver un génotype dans le temps, mais aussi d’assurer un backup de la ressource génétique en cas de contamination sanitaire des élevages ou de dérive génétique.

La cryopréservation du sperme, bien que moins couteuse, implique la perte de l’homozygotie, mais surtout le risque de perte du fond génétique, puisque les gamètes mâles seront utilisés pour féconder des ovocytes fraichement ovulés parfois des années plus tard. Seule la cryopréservation des embryons au stade 1 cellule à blastocyste permettent de conserver le fond génétique ou la complexité d’un jeu de mutations ou d’allèles modifiés.

La FIV peut se révèler plus efficace que les accouplements naturels pour produire des cohortes dans un temps réduit, et peut permettre d’ajuster le nombre d’animaux générés en fonction des besoins réels.

Le génotypage

Génotyper les animaux au plus tôt et rendre disponible les résultats rapidement à travers les logiciels de gestion animalière permet de sélectionner sans délai les animaux porteurs du génotype inutile et supprimer ou réaffecter leurs cages. Des approches de génotypage non-invasives permettent de réduire la douleur et le stress pour les animaux, tout en fournissant une quantité et une qualité d’ADN suffisantes.

Le génotypage de sperme et d’embryons, combiné à ces technologies, optimise encore les processus. En contrôlant la qualité génétique des stocks de sperme congelé et en évaluant le succès des stratégies d’édition génique directement sur des embryons en culture, on peut éviter de produire des animaux vivants. Dans la même logique, l’analyse du sperme de mâles chimères issus d’ingénierie sur des cellules souches permet de sélectionner ceux qui ont la meilleure probabilité de transmettre la mutation, réduisant ainsi le nombre d’accouplements nécessaires et le nombre de souriceaux sauvages.

La dimension éthique de l’élevage et l’importance de la formation

La formation des chercheurs et des personnels impliqués dans la gestion des colonies est un levier essentiel. Des formations dédiées, associées à des supports pédagogiques simples, à des outils d’aide au dimensionnement des élevages et à des politiques internes claires, peuvent contribuer à limiter les doublons de lignées, à encourager la cryoconservation lorsque le maintien vivant n’est plus justifié, et à garantir une traçabilité génétique rigoureuse.

En conclusion, le principe des 3R et la responsabilité partagée des acteurs ne constituent pas seulement une réponse aux exigences éthiques et réglementaires : ils contribuent à renforcer la performance scientifique. Une gestion rigoureuse des colonies, appuyée sur des schémas d’accouplements réfléchis, des technologies avancées, des méthodes de génotypage raffinées, des systèmes numériques robustes et une organisation claire des responsabilités, permettent d’améliorer la qualité des données, de réduire les délais et les coûts de projet, de diminuer le nombre d’animaux utilisés et d’augmenter le bien‑être animal, mais aussi le bien-être des personnels, au sens du « culture of care » de nos amis anglosaxons.

BimmoH: the leading source of Human Models for Biomedical Research

22 May 2026

A major challenge: harnessing the vast scientific literature through machine learning

The landscape of biomedical literature research is undergoing a major transformation. Thanks to tools such as BimmoH (Biomedical Models Hub), funded by the European Parliament and developed by the European Commission’s Joint Research Centre (JRC), scientists now have access to a centralised platform to explore models based on human biology. This initiative forms part of a broader drive to reduce reliance on animal models whilst improving the relevance of results for biomedical research.

With nearly 39 million references indexed in PubMed, the leading database in the life sciences, researchers face considerable difficulty in identifying the most pertinent publications on these models and in addressing their specific scientific questions. The BimmoH project has risen to this challenge by combining automated classification using Artificial Intelligence (AI) and supervised machine learning. A complex search query was first employed to test several algorithms and reduce the corpus to 4.3 million articles, before an AI system was trained on 30,000 documents comprising identified models, negative data, and experts-validated queries.

In total, 12 combinations were evaluated, with ambitious targets: 95% specificity, 85% precision and 50% sensitivity. The results exceeded expectations: the system identifies 800,000 relevant articles with 85–90% precision, covering 40–50% of pertinent publications. The database is updated on a quarterly basis.

Intelligent data structuring

BimmoH organises and classifies data according to specialised vocabularies, including:

Human anatomy and pathologies
In vitro and in silico models
Cell lines (2,005 catalogued)
Omics techniques

The 3Rs: a strengthened ethical framework

BimmoH adheres to the 3Rs principles (Replace, Reduce, Refine):

Replace: through the use of human-derived models based on human cells, such as organoids, organs-on-chip (OoC), and cell lines, or computational modelling informed by human data, in place of animal models.
Refinement: by limiting the number of experiments required through targeted selection.

A strategic tool for all stakeholders, with online training

BimmoH is designed for a diverse audience:

Researchers: the platform provides rapid access to structured data to guide their work, enabling researchers to save time and focus on approaches with greater human relevance.
Industry: the platform facilitates the identification of innovative models for the development of new therapeutics, including medicines and biologics.
Regulatory agencies: to evaluate the efficacy and safety of novel therapies.

Animal experimentation ethics committees: to check whether alternatives to animal models exist for a given issue and thereby better assess the feasibility of replacing animal use.

Tutorials and a user manual are available to help users gain a thorough understanding of BimmoH's features and functionalities.

In the era of personalised medicine and New Approaches Methodologies (NAMs), tools such as BiommoH are essential for reconciling innovation, efficacy and ethics responsibility. Their widespread adoption has the potential to redefine the standards of biomedical research in the years to come.

Short Notes: Making invisible results visible � a scientific and ethical challenge

21 May 2026

Publishing all results: an ethical and scientific challenge

In its recommendation No. 2026-48, entitled Use of animals for scientific purposes: ethical issues and recommendations, the CNRS COMETS makes an explicit recommendation:

“All results of research involving animals should be published on the ‘Short Notes’ platform set up by the FC3R, including when they are negative or deemed inconclusive, so that similar experiments are not repeated unnecessarily, particularly when they are doomed to failure.”

This recommendation highlights a major ethical issue in the field of animal experimentation: the failure to disseminate results already obtained is not only a loss of scientific information, but can also lead to the repetition of experiments that could have been avoided. The publication of negative, inconclusive or confirmatory results thus becomes a concrete lever for scientific integrity, research ethics and the implementation of the 3Rs — Replace, Reduce, Refine.

Beyond the field of animal experimentation alone, this opinion highlights a more general question: what becomes of all the results produced by research when they do not find a place in traditional editorial formats?

A blind spot in the scientific publishing system

In traditional publication models, scientific articles are most often structured around a hypothesis, the elucidation of a mechanism, a proof of concept, or a breakthrough deemed sufficiently novel. This narrative framework, essential to part of the scientific literature, nevertheless leaves out many methodologically sound results: unsuccessful trials, negative or inconclusive results, confirmatory observations, methodological adjustments, exploratory data, or results too narrow in scope to constitute a full article.

These results are by no means secondary, however. They can enable other teams to avoid avenues that have already been explored, to compare their own data, to improve a protocol, to confirm, refute or qualify published results, or even to better plan new experiments. When they remain unseen, they contribute to what Rosenthal described as early as 1979 as the ‘file drawer effect’: the tendency to publish predominantly results deemed positive, original or attractive to the scientific community and publishers, whilst leaving a large proportion of the results produced in the filing cabinets (Rosenthal, 1979)

This effect contributes to publication bias and undermines the reproducibility of scientific knowledge. It also represents a loss of collective and financial efficiency, particularly when results already obtained could have avoided the repetition of experiments, whether or not they involve animals.

Short Notes: a complementary editorial space

The editorial line of the GIS FC3R’s Short Notes platform has been designed to address this blind spot. It is not presented as an additional scientific journal with a thematic editorial line, nor as a competitor to scientific articles or preprints. It occupies a complementary space that is well-known but neglected: results that have not been included in a traditional publication. Short Notes enable the sharing of targeted, methodologically sound results—as they are peer-reviewed—which are citable and permanently accessible.

Short Notes allow for the publication of positive, negative, inconclusive, confirmatory, methodological or exploratory results, whether or not they involve the use of animals or animal-derived products. Their aim is not to produce an extensive scientific narrative, but to make clearly documented experimental facts available: why the experiment was conducted, how it was carried out, what results were obtained, and under what conditions they can be interpreted.

This approach is based on a simple requirement: not to judge the value of a result solely on the basis of its novelty or expected impact, but also on the basis of its methodological quality, transparency and potential usefulness to the scientific community.

A short, peer-reviewed and enduring format

Short Notes are published in English, to consolidate knowledge on an international scale, in a deliberately short format of around 2,000 words, accompanied by two pages of captioned figures. The Materials and Methods sections, metadata, and appendices may be expanded in detail to allow for a precise understanding of the experimental conditions and, where relevant, the comparison or replication of the work.

Each manuscript is assessed by at least two experts according to several criteria: clarity of the text, robustness of the experimental design, rigour of data analysis, quality of the figures, and transparency of the experimental report. The assessment process does not aim to request new experiments but rather to ensure that the results presented are comprehensible, correctly contextualised, and sufficiently documented to be useful to a broad scientific audience.

Approved Short Notes are deposited in the national open archive HAL and assigned a DOI (Digital Object Identifier). This dual anchoring guarantees their long-term accessibility, traceability, citability and indexing by search engines and bibliographic tools. The model adopted is Diamond Open Access: Short Notes are free for both authors and readers.

Encouraging initial indicators

Following an initial set-up phase, the Short Notes platform is now reaching an important milestone. Initial usage data from HAL shows that there is a readership for these results, which are usually not very visible.

The first seven Short Notes published since 2024 have now been viewed over 4,520 times and downloaded 1,494 times on HAL (as of 15 May 2026). Around half of the readership is international, with a significant proportion of downloads (25%) coming from the United States.

These figures remain modest compared to the publication volumes of traditional scientific journals, but they are particularly significant for results which, without this format, would probably have remained absent from the formal literature. They show that this content is not merely accessible: it is viewed, downloaded and potentially used by the entire scientific community, which is an excellent way of promoting results that were previously inaccessible.

An analysis of the ratios between views and downloads provides further insight. According to the Short Notes, between 26% and 44% of visitors actually download the full document from during their visit. This level suggests that a significant proportion of readers do not limit themselves to viewing the descriptive page, but access the full scientific content.

These findings indicate that the determining factor is not merely the length of time spent online, but rather the nature of the content offered and its scientific value. Short Notes are therefore not merely visible: they appear to meet a genuine need.

A growing momentum

The dynamics of submission and evaluation also confirm the gradual establishment of the format. To date, 10 manuscripts have been submitted, including one international submission. Seven Short Notes have been accepted, one has been rejected and two manuscripts are currently under review.

The challenge is to establish a high-quality editorial format on a lasting basis, capable of accommodating results often overlooked by traditional channels whilst maintaining high standards of evaluation, readability and transparency, so that readers have a source of reliable and validated results

Short Notes thus help to broaden the scope of what can be published and promoted in the scientific literature: not only spectacular, but also robust observations, confirmations, limitations, documented failures and useful methodological findings.

Alignment with developments in scientific evaluation

This positioning is part of a broader evolution in the scientific landscape. Open science policies, the recommendations set out in the San Francisco Declaration on Research Assessment (DORA) and the questioning of strictly bibliometric approaches call for a move away from reducing the value of scientific work to the editorial prestige of the journal in which it is published.

In this context, Short Notes contribute to a deliberate diversification of scientific output formats. They help to better recognise contributions that often remain overlooked, particularly experimental, methodological and technical contributions. They also provide a suitable framework for results arising from the day-to-day work of research teams, platforms, engineers, technicians and researchers.

This gradual recognition of diverse publication formats is essential for building a science that is more transparent, more robust and more faithful to the reality of scientific output. The main French research organisations (Inserm, CNRS, INRAE, CEA) have begun to change their evaluation practices and are actively promoting the recognition of Short Notes as scientific output in their own right, thereby encouraging research staff to share all their results.

Towards international recognition

In order to gain sustainability, Short Notes will need to increase both audience and international recognition. Significantly, Short Notes are cited as contributions to the Open Science effort, to the sharing of results and to transparency, notably by the ‘ Open Science Toolbox for Animal Research” developed by the German Bf3R and in a recent opinion piece on the usefulness of pre-registration (Heinl C et al. 2026).

Finally, the European ERA NAMs initiative (European Research Area on Accelerating New Approaches and Methodologies (NAMs) to advance biomedical research and the testing of medicinal products and medical devices) explicitly highlights the importance of sharing protocols and negative results within its working group dedicated to transparency and raising awareness of NAMs, thereby paving the way for the widespread adoption of Short Notes by European countries.

In conclusion, in light of the COMETS recommendation, Short Notes thus appear to be a practical tool in the service of a more comprehensive, responsible and open science that takes into account all research results. Making these results visible does not mean lowering standards; it means recognising that scientific robustness is also built through the transparent provision of what confirms, qualifies, limits or contradicts established knowledge.

BimmoH : la r�f�rence en mod�les humains pour la recherche biom�dicale

20 May 2026

Un défi de taille : exploiter l’immense littérature scientifique à travers le machine learning

Le paysage de la recherche documentaire biomédicale est en pleine mutation. Grâce à des outils comme BimmoH (Biomedical Models Hub), financé par le Parlement européen et développé par le Centre commun de recherche de la Commission européenne (JRC), les scientifiques disposent désormais d’une plateforme centralisée pour explorer des modèles fondés sur la biologie humaine. Cette initiative s’inscrit dans une dynamique plus large : réduire la dépendance aux modèles animaux tout en améliorant la pertinence des résultats pour la recherche biomédicale.

Avec près de 39 millions de références dans PubMed, la base de données de référence en sciences de la vie, les chercheurs peinent à identifier les publications les plus pertinentes utilisant ces modèles et pour répondre à leur problématique scientifique. Le projet BimmoH a relevé ce défi en combinant la classification automatique par Intelligence Artificielle (IA) et l’apprentissage supervisé (machine learning). Une requête complexe a d’abord permis de tester plusieurs algorithmes et de réduire le corpus à 4,3 millions d’articles, avant qu’un système d’IA ne soit entraîné sur 30 000 documents (modèles identifiés, données négatives et requêtes validées par des experts).

Au total, 12 combinaisons ont été évaluées, avec des objectifs ambitieux : 95 % de spécificité, 85 % de précision et 50 % de sensibilité. Les résultats dépassent les attentes : le système identifie 800 000 articles pertinents avec une précision de 85 à 90 %, couvrant 40 à 50 % des publications utiles. Des mises à jour sont effectuées chaque trimestre.

Une structuration intelligente des données

BimmoH organise et classifie les données selon des vocabulaires spécialisés, incluant :

L’anatomie humaine et les pathologies,
Les modèles in vitro et in silico,
Les lignées cellulaires (2 005 répertoriées),
Les techniques -omiques.

Les 3R : un cadre éthique renforcé

BimmoH s’aligne sur le principe des 3R (Remplacer, Réduire, Raffiner) :

Remplacer : en utilisant des modèles humains utilisant des cellules humaines (organoïdes, OoC, lignées cellulaires) ou des modélisations numériques à partir de données humaines plutôt que des modèles animaux.
Réduire : en limitant le nombre d’expériences grâce à une sélection ciblée.

Un outil stratégique au service de tous les acteurs, avec formation en ligne

BimmoH s’adresse à un public varié :

Les chercheurs : avec un accès rapide à des données structurées pour orienter leurs travaux, la plateforme permet aux chercheurs de gagner du temps et de cibler des approches plus pertinentes pour l’humain.
Les industriels : la plateforme permet l’identification de modèles innovants pour le développement, par exemple, de médicaments.
Les agences réglementaires : pour évaluer l’efficacité et la sécurité des nouvelles thérapies.
Les comités d’éthique en l’expérimentation animale : pour consulter l’existence d’alternatives aux modèles animaux pour une problématique donnée et ainsi mieux appréhender la possibilité de remplacer l’utilisation d’animaux.

Des tutoriels ainsi qu’un manuel permettent de mieux appréhender les fonctionnalités de BiommoH.

À l’ère de la médecine personnalisée et des nouvelles approches méthodologiques (NAMs), des outils comme BimmoH sont indispensables pour concilier innovation, efficacité et éthique. Son adoption massive pourrait bien redéfinir les standards de la recherche biomédicale dans les années à venir.

Short Notes : rendre visibles les r�sultats invisibles, un enjeu scientifique et �thique

18 May 2026

Publier tous les résultats : un enjeu éthique et scientifique

Dans son avis n°2026-48, intitulé Utilisation d’animaux à des fins scientifiques : questions éthiques et recommandations, le COMETS du CNRS formule une recommandation explicite :

« Tous les résultats des recherches utilisant des animaux devraient être publiés sur la plateforme « Short Notes » mise en place par le FC3R, y compris lorsqu’ils sont négatifs ou jugés non concluants, de façon à ce que des expériences similaires ne soient pas réitérées inutilement, notamment lorsqu’elles sont vouées à l’échec. »

Cette recommandation souligne un enjeu éthique majeur dans le domaine de l’expérimentation animale : l’absence de diffusion de résultats déjà obtenus n’est pas seulement une perte d’information scientifique, elle peut aussi conduire à répéter des expériences qui auraient pu être évitées. La publication de résultats négatifs, non concluants ou confirmatoires devient ainsi un levier concret d’intégrité scientifique, d’éthique de la recherche et de mise en œuvre des 3R — Remplacer, Réduire, Raffiner.

Au-delà du seul champ de l’expérimentation animale, cet avis met en lumière une question plus générale : que devient l’ensemble des résultats produits par la recherche lorsqu’ils ne trouvent pas leur place dans les formats éditoriaux traditionnels ?

Un angle mort du système éditorial scientifique

Dans les modèles de publication classiques, les articles scientifiques sont le plus souvent structurés autour d’une hypothèse, de l’élucidation d’un mécanisme, d’une preuve de concept ou d’une avancée jugée suffisamment nouvelle. Ce cadre narratif, indispensable à une partie de la littérature scientifique, laisse néanmoins de côté de nombreux résultats méthodologiquement solides : essais infructueux, résultats négatifs ou non concluants, observations confirmatoires, ajustements méthodologiques, données exploratoires ou résultats trop ciblés pour constituer un article complet.

Ces résultats ne sont pas secondaires pour autant. Ils peuvent permettre à d’autres équipes d’éviter des pistes déjà testées, de comparer leurs propres données, d’améliorer un protocole, de confirmer, d’infirmer ou de nuancer des résultats publiés, ou encore de mieux planifier de nouvelles expériences. Lorsqu’ils restent invisibles, ils alimentent ce que Rosenthal a décrit dès 1979 comme l’« effet tiroir » : la tendance à publier majoritairement les résultats jugés positifs, originaux ou attractifs pour la communauté scientifique et les éditeurs en laissant dans les tiroirs une grande partie des résultats produits (Rosenthal, 1979).

Cet effet contribue aux biais de publication et fragilise la reproductibilité des connaissances scientifiques. Il représente également une perte d’efficacité collective et financière, notamment lorsque des résultats déjà obtenus auraient pu éviter la répétition d’expériences, qu’elles impliquent ou non des animaux.

Les Short Notes : un espace éditorial complémentaire

La ligne éditoriale de la plateforme Short Notes du GIS FC3R a été conçue pour répondre à cet angle mort. Elle ne se présente pas comme une revue scientifique supplémentaire dotée d’une ligne éditoriale thématique, ni comme un dispositif concurrent des articles scientifiques ou des prépublications. Elle occupe un espace complémentaire connu mais abandonné : les résultats, qui n’ont pas été inclus dans une publication traditionnelle. Les Short Notes permettent le partage de résultats ciblés, méthodologiquement solides, car évalués par des pairs, qui sont citables et durablement accessibles.

Les Short Notes permettent de publier des résultats positifs, négatifs, non concluants, confirmatoires, méthodologiques ou exploratoires, qu’ils utilisent ou non des animaux ou des produits d’origine animale. Leur objectif n’est pas de produire un récit scientifique extensif, mais de mettre à disposition des faits expérimentaux clairement documentés : pourquoi l’expérience a été menée, comment elle a été réalisée, quels résultats ont été obtenus et dans quelles conditions ils peuvent être interprétés.

Cette approche repose sur une exigence simple : ne pas juger la valeur d’un résultat uniquement à l’aune de sa nouveauté ou de son impact attendu, mais aussi à partir de sa qualité méthodologique, de sa transparence et de son utilité potentielle pour la communauté scientifique.

Un format court, évalué et pérenne

Les Short Notes sont publiées en anglais, afin de consolider les connaissances à l’échelle internationale, dans un format volontairement court, d’environ 2 000 mots, accompagné de deux pages de figures légendées. Les sections Matériel et Méthodes, les métadonnées, ainsi que les annexes peuvent être largement développées afin de permettre une compréhension précise des conditions expérimentales et, lorsque cela est pertinent, la comparaison ou la réplication des travaux.

Chaque manuscrit est évalué par au moins deux experts selon plusieurs critères : clarté du texte, solidité du design expérimental, rigueur du traitement des données, qualité des figures et transparence du rapport expérimental. Le processus d’évaluation ne vise pas à demander de nouvelles expériences mais plutôt à s’assurer que les résultats présentés sont compréhensibles, correctement contextualisés et suffisamment documentés pour être utiles à un large public scientifique.

Les Short Notes validées sont déposées dans l’archive ouverte nationale HAL et associées à un DOI (Digital Object Identifier). Ce double ancrage garantit leur accessibilité durable, leur traçabilité, leur citabilité et leur référencement par les moteurs de recherche et les outils bibliographiques. Le modèle retenu est celui du Diamond Open Access : les Short Notes sont gratuites pour les auteurs comme pour les lecteurs.

Des premiers indicateurs encourageants

Après une phase de mise en place, la plateforme Short Notes franchit aujourd’hui une étape importante. Les premières données de consultation dans HAL montrent qu’un lectorat existe pour ces résultats habituellement peu visibles.

Les sept premières Short Notes publiées depuis 2024 ont été consultées plus de 4 520 fois et téléchargées plus de 1 494 fois sur HAL (au 15 mai 2026). Environ la moitié de l’audience est internationale, avec une part significative des téléchargements (25%) provenant des États-Unis.

Ces chiffres restent modestes au regard des volumes de publication des revues scientifiques classiques, mais ils sont particulièrement significatifs pour des résultats qui, sans ce format, seraient probablement restés absents de la littérature formelle. Ils montrent que ces contenus ne sont pas seulement accessibles : ils sont consultés, téléchargés et potentiellement utilisés par l’ensemble de la communauté scientifique, ce qui est une excellente valorisation pour des résultats qui étaient inaccessibles.

L’analyse des ratios entre consultations et téléchargements apporte un éclairage complémentaire. Selon les Short Notes, entre 26 % et 44 % des visiteurs téléchargent effectivement le document complet au cours de leur consultation. Ce niveau suggère qu’une part importante des lecteurs ne se limite pas à consulter la page descriptive, mais accède au contenu scientifique intégral.

Ces éléments indiquent que le facteur déterminant n’est pas seulement la durée de présence en ligne, mais bien la nature du contenu proposé et son utilité scientifique. Les Short Notes ne sont donc pas uniquement visibles : elles semblent répondre à un besoin réel.

Une dynamique progressive

La dynamique de soumission et d’évaluation confirme également l’installation progressive du format. À ce jour, 10 manuscrits ont été déposés, dont une soumission internationale. Sept Short Notes ont été acceptées, une a été refusée et deux manuscrits sont en cours d’évaluation.

L’enjeu est d’installer durablement un format éditorial de qualité, capable d’accueillir des résultats souvent négligés par les circuits classiques tout en maintenant une exigence d’évaluation, de lisibilité et de transparence pour que les lecteurs trouvent une source de résultats fiables etvalidés

Les Short Notes contribuent ainsi à élargir le périmètre de ce qui peut être publié et valorisé dans la littérature scientifique : non seulement les résultats spectaculaires ou fortement narratifs, mais aussi les observations robustes, les confirmations, les limites, les échecs documentés et les résultats méthodologiques utiles.

Une cohérence avec l’évolution de l’évaluation scientifique

Ce positionnement s’inscrit dans une évolution plus large du paysage scientifique. Les politiques de science ouverte, les recommandations portées par la Déclaration de San Francisco sur l’évaluation de la recherche (DORA) et la remise en question des approches strictement bibliométriques invitent à ne plus réduire la valeur d’un travail scientifique au prestige éditorial du support dans lequel il est publié.

Dans ce contexte, les Short Notes participent à une diversification voulue des formats de production scientifique. Elles permettent de mieux reconnaître des contributions qui restent souvent peu visibles, notamment les contributions expérimentales, méthodologiques et techniques. Elles offrent aussi un cadre adapté à des résultats issus du travail quotidien des équipes de recherche, des plateformes, des ingénieurs, des techniciens et des chercheurs.

Cette reconnaissance progressive de formats complémentaires est essentielle pour construire une science plus transparente, plus robuste et plus fidèle à la réalité de la production scientifique. Les principaux organismes de recherche français (Inserm, CNRS, INRAE, CEA) ont engagé une évolution de leurs pratiques en matière d’évaluation et promeuvent activement la reconnaissance des Short Notes comme production scientifique à part entière, encourageant ainsi les personnels de recherche à les partager tous leurs résultats.

Vers une reconnaissance à l’international

Pour perdurer, les Short Notes devront bénéficier à la fois d’une audience et d’une reconnaissance à l’internationales. D’une manière importante, les Short Notes sont citées comme des contributions à l’effort de Science Ouverte, au partage des résultats et à la transparence, notamment par l‘« Open Science Toolbox for Animal Research » développé par le Bf3R allemand et par un article d’opinion récent sur l’utilité du préenregistrement (Heinl C et al. 2026).

Enfin, l’action européenne ERA NAMs souligne explicitement l’importance du partage des protocoles et des résultats négatifs dans son groupe de travail dédié à la transparence et à la sensibilisation aux NAMs, ouvrant ainsi la voie à une adoption généralisée des Short Notes par les pays européens.

Pour conclure, à la lumière de l’avis du COMETS, les Short Notes apparaissent ainsi comme un outil concret au service d’une science ouverte plus complète, plus responsable et plus attentive à l’ensemble des résultats produits par la recherche. Rendre visibles ces résultats, ce n’est pas être moins exigeant, c’est reconnaître que la robustesse scientifique se construit aussi par la mise à disposition transparente de ce qui confirme, nuance, limite ou contredit les connaissances établies.

Cl�mence Deligne, winner of the FC3R 2025 3Rs Research Award

05 Mar 2026

FC3R: Can you introduce yourself and tell us about your background?

I am a postdoctoral researcher at the Cancer Research Centre of Lyon (CRCL), at the Léon Bérard Centre, in the "Cell States and Childhood Cancers" team, co-led by Dr Marie Castets and Prof. Jean-Yves Blay. We work specifically on paediatric cancers, especially sarcomas and brain tumours.

During my PhD at the Blood-Brain Barrier Laboratory in Lens, I developed 2D multicellular in vitro models to study interactions between blood-brain barrier cells and diffuse intrinsic pontine glioma (DIPGF), a highly aggressive paediatric brain cancer. I then wanted to take my modelling of paediatric brain tumours a step further by joining Dr Laura Broutier's group at CRCL for my postdoctoral research. Since then, I have been working on the development of 3D tumour organoid models, also known as tumoroids, of high-grade paediatric gliomas, including DIPG.

These tumoroid models allow us to apply the 3Rs principle, as we do not use animals to model and study these particular tumours.

FC3R: Can you tell us about the award-winning work?

Childhood cancers are rare, accounting for only about 1-2% of all cancers. However, they remain the leading cause of disease-related death in children. Although up to 80% of children with cancer can now be successfully treated, some cancers, such as high-grade gliomas and posterior fossa ependymomas, remain extremely difficult to cure.

One reason for this is partly due to the heterogeneity of these tumours. There are several subtypes of high-grade gliomas, which is known as inter-tumour heterogeneity. There is also intra-tumour heterogeneity, meaning that there are several cell populations coexist within the same tumour, and some of these populations will be resistant to treatment.

It is in this context that I have developed, in close collaboration with Arthur Tourbez, co-first author of the paper, tumoroid models of the deadliest paediatric glial tumours, i.e. high-grade paediatric gliomas, including DIPG, and posterior fossa ependymomas. Tumoroids are mini-avatars versions of tumours that we generate in vitro in the laboratory. These models accurately represent the heterogeneity of the original tumours and allow us to identify which treatments, or combinations of treatments, are most effective.

I would also like to emphasise that this work is the result of a team effort, and I would like to thank everyone involved.

FC3R: How are these organoid models generated? From biopsies or from human embryonic stem cells?

We collaborate with Dr. Pierre Leblond, a paediatric oncologist at IHOPe, as well as surgeons and anatomopathologists at the Hospices Civils de Lyon, who give us access to biopsy samples and surgical resections. Even from small tumour fragments, we are able to establish tumoroid cultures using the protocols we have developed, thereby expanding the starting material. These models can be cultured stably for months, or even years, and can be frozen and thawed as needed for our projects.

FC3R: It is often said that organoids are not as "mature" as the original tissues in adults. Is this also the case for your tumoroids?

We have carried out a very comprehensive characterisation of our tumoroid models at the histological, transcriptomic, genomic, epigenomic and functional levels. This exhaustive characterisation has enabled us to demonstrate that our tumoroid models faithfully reproduce the characteristics of the original tumours.

FC3R: It is often reported that tumours are not homogeneous from a cellular and even genetic point of view.

Indeed, tumours are not made up of a single cell population, but of several cell populations that may differ genetically, in particular through genetic mutations that can drive resistance. We demonstrated through targeted DNA sequencing and bioinformatic analyses that the same clonal mutations were found in our models as those found in the original tumours, and in similar proportions. We also confirmed the presence of the different cellular states found in biopsies of high-grade gliomas using the single-cell RNA sequencing technique. This is one of the key strengths of our study, because intra-tumour heterogeneity is a major source of treatment resistance. So reproducing this diversity in our models is therefore essential if we want to reflect the same resistance mechanisms found in patients.

FC3R: In vitro models based on human cells, including organoids, are relevant for humans, but are they also clinically relevant?

Indeed, "clinical relevance" is an essential criterion for models used in translational research in order to generate robust results that can be transferred "from bench to bedside".

In our study, we established tumoroid models before and after chemotherapy in two patients. We then exposed these tumouroid models to the same treatment received by the patient and observed an in vitro response that mirrored the clinical response. This allowed us to demonstrate the predictive, and therefore clinically relevant potential, of our models, which is a major strength of our study and allows us to move towards the promising prospects for personalised medicine.

FC3R: How do you apply the 3Rs principle in your research?

The ability of our tumoroid models to generate sufficiently clinically relevant results allows them to replace, at least partially, animal models in key preclinical studies, such as evaluating drug response or identifying resistance mechanisms. In addition, by enabling in vitro selection of the most promising therapeutic combinations prior to in vivo validation, our models improve animal welfare by limiting their exposure to ineffective or invasive experimental protocols.

FC3R: Do you use a "seeding and amplification" step in immunodeficient mice?

No, this step is not necessary. Thanks to the work we have done to develop the tumour tissue dissociation and culture medium protocol, we are able to obtain sufficient viable cells that proliferate directly in vitro and retain their original characteristics. This direct in vitro expansion method allows us to avoid contaminating human material with murine cells, which can occur during xenotransplantation in mice.

FC3R: How do you share these advances?

We support open and collaborative science, which helps to accelerate research in paediatric oncology.

All our transcriptomic and genomic data are available in open access on the Neuro-Oncology journal website. Our omic data will also be accessible via the Share4Kids platform, a multi-omic data repository in paediatric oncology shared with the entire scientific community. This project was launched by Dr Marie Castets in 2018 and awarded the Unicancer prize in 2023.

Our models are available via Model4Kids, in the form of academic and industrial collaborations, in order to advance the discovery of more effective and less toxic drugs or therapeutic combinations.

FC3R: What about the future?

We want to move towards personalised medicine, in collaboration with Dr Pierre Leblond. In parallel with the molecular profiling routinely carried out when treating a child with a brain tumour, we will culture tumour cells in the laboratory and test different drugs within two weeks to find out which ones are most effective in vitro. This will quickly provide us with a personalised map of therapeutic sensitivities that tells clinicians which drugs are most likely to work for each child, particularly if the first treatment fails. This approach would also help rule out treatments that are prescribed out of habit and would be completely ineffective for the patient, thus avoiding exposure to "unnecessary" toxicities.

FC3R: What does this 3Rs Research Award mean to you?

I have never worked with animals myself, either during my PhD or my postdoctoral studies. I have always been committed to contributing to the development of increasingly complex in vitro models, and I remain fascinated by the technological advances made in better representing healthy and tumour tissues in vitro by incorporating their microenvironments. Building this bridge between animal models and organoid models is important. I am not saying that we will be able to completely replace animal models, but we can limit their use considerably by reserving them for later-stage preclinical studies. This 3Rs Award therefore recognises these efforts to develop more ethical and potentially more predictive preclinical models to accelerate the discovery of more effective and less toxic treatments in paediatric oncology.

Festival Pint of Science : rencontrez les chercheurs en dehors de leur laboratoire

05 Mar 2026

Du lundi 18 au mercredi 20 mai, de 19 à 22h, nous vous donnons rendez-vous au bar :

« Le dernier bar avant la fin du monde »
19 avenue Victoire
75001 Paris

Sur inscription à partir du 13 avril 2026

Programme

En 2026, six scientifiques — chercheurs et doctorants — participeront à l’événement. Le FC3R pourra également compter sur l’appui de Maria Gutierrez (PhD) pour assurer l’animation des rencontres.

Lundi 18 mai : Du bide à la puce

Des intestins cultivés en laboratoire pour comprendre l’inflammation et le cancer, et des reins sur puce pour étudier les maladies rénales. Deux projets de recherche qui recréent nos organes en miniature pour mieux observer et comprendre ce qui se passe à l’intérieur du corps et imaginer de nouveaux traitements.

Les organoides d'intestin demande l'immunité
Lionel Le Bouris – Chercheur, Inserm
Que se passe-t-il dans notre intestin lorsque celui-ci développe une maladie inflammatoire ? Pourquoi les cancers du côlon répondent-ils peu aux nouvelles immunothérapies qui ont révolutionné le traitement des autres cancers ? Pour répondre à ces questions, les modèles animaux sont-ils pertinents et suffisants ? Lionel Le Bouris développe des organoïdes à partir de prélèvements de patients et étudie ensuite comment ces structures interagissent avec les cellules immunitaires des ces mêmes patients. Son objectif : réduire l’activation des cellulaires immunitaire dans les maladies inflammatoires, mais l’augmenter contre les cancers.

Ce n'est rein ma puce !
Alizée Fernandes Pereira – Doctorante, Sorbonne Université
Et si un rein (ou presque) tenait dans la paume de la main ? Lors de cette soirée futuriste, Alizée Fernandez Pereira vous embarquera dans des travaux de sa thèse. Au programme : reins miniatures sur puce, cellules humaines et capteurs. L’idée ? Mieux comprendre les maladies rénales et trouver de nouvelles pistes pour les traiter. Une recherche proche de la science-fiction… mais à portée de main (et sans quitter le bar).

Mardi 19 mai : Soigner demain autrement : IA et mini-tumeurs

Et si les médicaments étaient conçus par une IA, et les tumeurs cultivées sur puce plutôt que sur des souris ? Entre algorithmes et mini-cancers en labo, découvrez comment la recherche réinvente la manière de tester et créer les traitements de demain.

ChatGPT, fais-moi un médicament !
Luigi Ranieri – Doctorant, Université Paris Cité. Inserm
Et si le prochain médicament que vous prendrez avait été conçu par une intelligence artificielle ? Aujourd’hui, développer un traitement prend 15 à 20 ans, coûte des milliards d’euros et demande plusieurs tests sur des animaux. Dernièrement, l’intelligence artificielle change la donne : grâce à des machines qui analysent une grande quantité de données biologiques, on arrive à prédire quels composés ont le plus de chances de devenir des médicaments, en réduisant l’expérimentation animale et les échecs. Venez donc découvrir si l’IA pourra remplacer les chimistes comme Luigi Raneiri ! (Spoiler : non)

Des puces Minion pour faire pousser des mini-tumeurs en laboratoire
Anna Schreiber – Doctorante, Université Paris Cité
Le cancer colorectal est l’un des cancers les plus fréquents, et le développement de nouveaux traitements nécessite de nombreux tests, souvent réalisés sur des souris. Pour limiter ce recours, Anna Schreiber a développé une puce Minion, petite, maligne, (et qui ressemble un peu à Bob), capable de reproduire des aspects clés du cancer colorectal in vitro. Cette puce permet notamment de faire pousser des sphéroïdes tumoraux, c’est-à-dire de petites sortes de boules de cellules cancéreuses/malignes, offrant un modèle plus éthique, rapide et pertinent pour tester de nouveaux traitements.

Mercredi 20 mai : La vie privée des microbes

Les microbes ont une vie bien plus mouvementée qu’on ne l’imagine. Entre un parasite qui cache une vraie vie amoureuse et des bactéries passées de menace à aliment, cette soirée dévoile leurs secrets les plus intimes.

La vie sexuelle cachée du parasite Leishmania
Marcela Fuentes - Doctorante, Institut Pasteur
Même les micro-organismes ont une vie amoureuse ! Leishmania, un parasite transmis par des insectes appelés phlébotomes, peut provoquer une maladie grave appelée leishmaniose. Longtemps, on pensait qu’il ne faisait que se diviser pour se multiplier… jusqu’à ce qu’on découvre qu’il menait aussi une vie sexuelle bien cachée. Dans son projet, Marcela Fuentes étudie une protéine nommée Gex1 sans laquelle Leishmania est incapable de se reproduire. Envie de plonger dans les secrets de la séduction à l’échelle microscopique ? Vennez découvrir comment ce parasite trouve (ou perd) l’amour !

Savez-vous que le yaourt était autrefois vendu en pharmacie ?
Anne Hiol – Post-Doctorante, INRAe
Autrefois, les bactéries faisaient peur : on les accusait de nous empoisonner de l’intérieur. Aujourd’hui, on les mange sans hésiter au petit-déjeuner. Que s’est-il passé entre les deux ?
Le talk d’Anne Hiol raconte comment le yaourt est passé du statut de remède vendu en pharmacie à celui d’aliment star, grâce à des scientifiques, des prix Nobel et quelques ferments lactiques. Après ça, vous ne regarderez plus jamais votre yaourt de la même façon….

Retour sur l’édition 2025

En 2025, les trois soirées organisées par le FC3R ont affiché complet en seulement quelques heures. Six intervenants ont animé ces rencontres autour de thématiques variées telles que le cerveau, les tumeurs, les organes-sur-puce, le rein, le VIH, les organes perdus ou encore les cellules ciliées. Nous avons également eu l’honneur d’accueillir l’illustratrice « Mél « qui a croqué l’une des soirées, offrant ainsi un cadre visuel inspiré du concept de Pint of Science. Près de 120 participants ont assisté aux présentations, rythmées par des quiz et même une chanson, dans une ambiance conviviale. L’évaluation du public a été très positive, ce qui nous a encouragés à renouveler l’expérience en 2026.

Cl�mence Deligne, laur�ate du prix 3R � Recherche � 2025 du FC3R

05 Mar 2026

FC3R : Pouvez-vous vous présenter et nous parler de votre parcours ?

Je suis chercheuse post-doctorante au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), sur le site du Centre Léon Bérard, dans l'équipe « États cellulaires et cancers de l'enfant » codirigée par le Dr Marie Castets et le Pr Jean-Yves Blay. Nous travaillons spécifiquement sur les cancers pédiatriques, notamment les sarcomes et les tumeurs cérébrales.

Lors de mon doctorat au Laboratoire de la Barrière Hémato-Encéphalique à Lens, j’ai développé des modèles in vitro multicellulaires en 2D pour étudier les interactions entre les cellules de la barrière hémato-encéphalique et les cellules de gliome infiltrant du tronc cérébral, un cancer pédiatrique très agressif plus communément appelé par son acronyme anglais « DIPG ». J’ai ensuite voulu aller plus loin dans la modélisation des tumeurs cérébrales pédiatriques en rejoignant le groupe du Dr Laura Broutier au CRCL pour mon post-doctorat. Je travaille depuis sur le développement de modèles organoïdes tumoraux en 3D, aussi appelés tumoroïdes, de gliomes pédiatriques de haut grade incluant les DIPG.

Ces modèles tumoroïdes nous permettent d'appliquer le principe des 3R puisque nous n’utilisons pas l’animal pour modéliser et étudier ces tumeurs particulières.

FC3R : Pouvez-vous nous parler des travaux récompensés ?

Les cancers de l’enfant sont des tumeurs rares, environ 1 à 2% seulement de tous les cancers. Ils représentent néanmoins la première cause de mortalité par maladie chez les enfants. Bien qu’on soigne désormais jusqu’à 80% des enfants atteints d’un cancer, soit quatre enfants sur cinq, certains cancers comme les gliomes de haut grade et les épendymomes de la fosse postérieure restent très difficiles à éradiquer.

Cet échec thérapeutique provient en partie de l’hétérogénéité de ces tumeurs. Il existe de multiples sous-types de gliomes de haut grade : on parle d’hétérogénéité inter-tumorale. Il existe de plus une hétérogénéité dite intra-tumorale, c’est-à-dire qu’il y a plusieurs populations de cellules à l’intérieur même de la tumeur, et certaines populations vont être résistantes aux traitements.

C’est dans ce contexte, aux côtés d'Arthur Tourbez qui est co-premier auteur de l'article, que j'ai développé des modèles tumoroïdes des tumeurs gliales pédiatriques les plus létales, c’est-à-dire les gliomes pédiatriques de haut grade, incluant les DIPG, et les épendymomes de la fosse postérieure. Les tumoroïdes sont des mini-avatars des tumeurs que nous générons in vitro en laboratoire. Ces modèles représentent fidèlement l’hétérogénéité des tumeurs d’origine, et nous permettent d’identifier quels traitements ou quelles combinaisons de traitements sont les plus efficaces contre ces tumeurs.

J’en profite pour préciser que ces travaux représentent la collaboration de toute une équipe que je tiens à remercier.

FC3R : Comment sont générés ces modèles organoïdes ? A partir de biopsies ou à partir de cellules souches embryonnaires humaines ?

Nous collaborons avec le Dr. Pierre Leblond, médecin oncopédiatre à l'IHOPe, ainsi que des chirurgiens et des anatomopathologistes des Hospices Civils de Lyon, qui nous donnent accès à des échantillons de biopsies et de résections chirurgicales. Même à partir de petits fragments de tumeurs, nous réussissons à mettre en culture des modèles tumoroïdes grâce aux protocoles que nous avons mis au point, et ainsi à amplifier le matériel de départ. Ces modèles peuvent être cultivés de façon stable pendant des mois, voire des années, et peuvent être congelés et décongelés au besoin de nos projets.

FC3R : On dit souvent que les organoïdes ne sont pas « matures » par rapport aux tissus d’origine chez l'adulte. Est-ce le cas de vos tumoroïdes ?

Nous avons fait une caractérisation très complète de nos modèles tumoroïdes au niveau histologique, transcriptomique, génomique, épigénomique et fonctionnel. Cette caractérisation exhaustive nous a permis de démontrer que nos modèles tumoroïdes reproduisaient fidèlement les caractéristiques des tumeurs d’origine.

FC3R : Il est souvent rapporté que les tumeurs ne sont pas homogènes d’un point de vue cellulaire et même au niveau génétique.

Effectivement les tumeurs ne sont pas constituées d’une seule population de cellules mais de plusieurs populations cellulaires qui peuvent avoir des contenus génétiques différents, en particulier des mutations génétiques qui peuvent induire des résistances. Nous avons démontré par targeted DNAseq et à l’aide d’analyses bio-informatiques que l’on retrouvait bien les mêmes mutations clonales dans nos modèles que celles retrouvées dans les tumeurs d'origine, et ce dans des proportions similaires. Nous avons aussi vérifié la présence des différents états cellulaires retrouvés dans des biopsies de gliomes de haut grade, grâce à la technique de single-cell RNAseq. C’est vraiment un des points forts de notre étude car l’hétérogénéité intra-tumorale est source de résistances aux traitements, il est donc essentiel de reproduire cette diversité dans nos modèles pour représenter les mêmes mécanismes de résistance retrouvés chez les patients.

FC3R : Les modèles in vitro à partir de cellules humaines, organoïdes inclus, sont pertinents pour l’homme mais le sont-ils également au niveau clinique ?

En effet, le « clinically relevant » est un critère essentiel pour les modèles utilisés en recherche translationnelle, afin de générer des résultats robustes et transférables « from bench to bedside ».

Dans notre étude, nous avons établi des modèles tumoroïdes avant et après la chimiothérapie chez deux patients. Nous avons ensuite exposé ces tumoroïdes au même traitement reçu par le patient, et nous avons observé une réponse in vitro qui reproduit la réponse clinique. Nous avons ainsi pu démontrer le potentiel prédictif et donc « clinically relevant » de nos modèles, qui est un grand point fort de notre étude et nous permet d’aller vers des perspectives de médecine personnalisée.

FC3R : Comment appliquez-vous le principe des 3R dans vos recherches ?

La capacité de nos modèles tumoroïdes à générer des résultats suffisamment pertinents d’un point de vue clinique leur permettent de remplacer, au moins partiellement, les modèles animaux pour des études précliniques critiques, comme l’évaluation de la réponse aux médicaments ou l’identification de mécanismes de résistance. De plus, en permettant une sélection in vitro des combinaisons thérapeutiques les plus prometteuses avant toute validation in vivo, nos modèles améliorent le bien-être animal en limitant leur exposition à des protocoles expérimentaux inefficaces ou invasifs.

FC3R : Utilisez-vous une étape de « repiquage et amplification » chez des souris immunodéficientes ?

Nous, nous n’avons pas besoin de passer par cette étape. Grâce au travail de mise au point du protocole de dissociation du tissu tumoral et du milieu de culture, nous réussissons à obtenir suffisamment de cellules viables qui prolifèrent directement in vitro et conservent leurs caractéristiques d’origine. Cette méthode d’amplification directement in vitro nous permet d’éviter de contaminer le matériel humain avec des cellules murines, ce qui peut arriver lors de xénogreffes chez la souris.

FC3R : Comment partagez-vous ces avancées ?

Nous sommes en faveur d’une science ouverte et collaborative, permettant d’accélérer la recherche en cancérologie pédiatrique.

Toutes nos données transcriptomiques et génomiques sont disponibles en « open access » sur le site du journal Neuro-Oncology. Nos données -omiques seront également accessibles via la plateforme Share4Kids, un entrepôt de données multi-omiques en cancérologie pédiatrique partagées à l’ensemble de la communauté scientifique Ce projet a été lancé par le Dr Marie Castets en 2018 et récompensé par le prix Unicancer en 2023.

Nos modèles sont aussi disponibles via Model4Kids, sous la forme de collaborations académiques et industrielles, afin d’avancer dans la découverte de médicaments ou de combinaisons thérapeutiques plus efficaces et moins toxiques.

FC3R : Et le futur ?

Nous souhaitons nous diriger vers la médecine personnalisée, en collaboration avec le Dr Pierre Leblond. En parallèle du profilage moléculaire réalisé en routine lors de la prise en charge d’un enfant atteint d’une tumeur cérébrale, nous allons mettre en culture les cellules tumorales en laboratoire et tester différents médicaments dans un délai de 2 semaines pour savoir lesquels sont les plus efficaces in vitro. Nous obtenons ainsi rapidement une carte personnalisée des sensibilités thérapeutiques qui indique au clinicien quels médicaments ont le plus de chances de fonctionner pour chaque enfant, notamment en cas d'échec du premier traitement. Cette perspective permettrait également d’éliminer des traitements prescrits par habitude et qui seraient totalement inefficaces chez le patient, et ainsi lui éviter d’être exposé à des toxicités « inutiles ».

FC3R : Que représente pour vous ce prix 3R « Recherche » ?

Je n’ai jamais travaillé moi-même sur l’animal, que ce soit au cours de ma thèse ou de mon postdoctorat. J’ai toujours eu à cœur de contribuer au développement de modèles in vitro de plus en plus complexes, et je reste fascinée des progrès technologiques réalisés pour représenter de mieux en mieux les tissus sains et tumoraux in vitro en incorporant leurs microenvironnements. Créer ce pont entre les modèles animaux et les modèles organoïdes est important. Je ne dis pas que l'on pourra totalement remplacer les modèles animaux, mais nous pouvons les limiter considérablement en les réservant à des études précliniques plus tardives. Ce prix 3R représente donc une reconnaissance de ces efforts pour développer des modèles précliniques plus éthiques, et potentiellement plus prédictifs, pour accélérer dans la découverte de traitements plus efficaces et moins toxiques en cancérologie pédiatrique.

Pint of Science Festival: meet researchers outside their laboratories

05 Mar 2026

From Monday 18 to Wednesday 20 May, from 7pm to 10pm, we invite you to join us at the bar:

"Le dernier bar avant la fin du monde"
19 avenue Victoire
75001 Paris

Registration opens on 13 April 2026

Programme

In 2026, we will welcome six scientists, including researchers and doctoral students. Maria Gutierrez (PhD) will also support the FC3R in her role as facilitator.

Monday 18 May - From gut to chip

Intestines grown in the laboratory to understand inflammation and cancer, and kidneys on a chip to study kidney disease. Two research projects that recreate our organs in miniature to better observe and understand what happens inside the body and devise new treatments.

Intestinal organoids need immunity
Lionel Le Bouris – Researcher, Inserm
What happens in our intestines when they become inflamed? Why don't colon cancers respond well to the new immunotherapies that have changed how other cancers are treated? Are animal models the best way to answer these questions? Lionel Le Bouris develops organoids from patient samples and then studies how these structures interact with the immune cells of those same patients. His goal is to reduce the activation of immune cells in inflammatory diseases, but increase it against cancers.

It's nothing, sweetheart!
Alizée Fernandes Pereira – PhD student, Sorbonne University
What if a kidney (or almost) could fit in the palm of your hand? During this futuristic evening, Alizée Fernandez Pereira will guide you through her thesis work. The agenda includes miniature kidneys on a chip, human cells and sensors. The idea? To better understand kidney disease and find new ways to treat it. Research that's close to science fiction... but within reach - and you won't even have to leave the bar!

Tuesday 19 May - Tomorrow's healthcare: AI and mini-tumours

What if medicines were designed by AI, and tumours were grown on chips rather than in mice? Between algorithms and mini-cancers in the lab, discover how research is reinventing the way we test and create the treatments of tomorrow.

ChatGPT, make me a medicine!
Luigi Ranieri – PhD student, Paris Cité University. Inserm
What if the next medicine you took had been designed using artificial intelligence? Today, developing a treatment takes 15 to 20 years, costs billions of euros, and involves several animal tests. Artificial intelligence is changing the game. Thanks to machines that analyse large amounts of biological data, we can now predict which compounds are most likely to become medicines. This reduces animal testing and minimizes failures. Come and find out if AI could replace chemists like Luigi Raneiri! (Spoiler: no.)

Minion chips to grow mini-tumours in the laboratory
Anna Schreiber – PhD student, Paris Cité University
Colorectal cancer is one of the most common cancers, and developing new treatments requires numerous tests, which are often carried out on mice. To limit this practice, Anna Schreiber has developed a small, ingenious Minion chip (resembling Bob) that can reproduce key aspects of colorectal cancer in vitro. The chip can be used to grow tumour spheroids -small balls of cancerous or malignant cells - providing a more ethical, rapid and relevant model for testing new treatments.

Wednesday 20 May – The private life of microbes

Microbes lead much more eventful lives than we realise. This evening event reveals their most intimate secrets, from a parasite with a secret love life to bacteria that have evolved from being a threat to becoming a food source.

The hidden sex life of the Leishmania parasite
Marcela Fuentes – PhD student, Institut Pasteur
Even microorganisms have a love life! Leishmania, a parasite transmitted by insects called sandflies, can cause the serious disease leishmaniasis. For a long time, it was thought that it only divided in order to multiply, until it was discovered that it also led a well-hidden sex life. In her project, Marcela Fuentes is studying a protein called Gex1, which is essential for Leishmania to reproduce. Want to delve into the secrets of seduction on a microscopic scale? Come and find out how this parasite finds — or loses — love!

Did you know that yoghurt used to be sold in pharmacies?
Anne Hiol – Postdoctoral researcher, INRAe
In the past, bacteria were feared: they were accused of poisoning us from within. Today, we eat them for breakfast without hesitation. So what happened in between?
In her talk, Anne Hiol recounts how yoghurt went from being a remedy sold in pharmacies to becoming a popular food, thanks to the efforts of scientists and Nobel Prize winners, as well as a few lactic ferments. You'll never look at yoghurt in the same way again afterwards!